Neben den schiffbaren Bundeswasserstraßen Mittellandkanal und Weser durchzieht eine Vielzahl kleinerer Gewässer das Mindener Stadtgebiet. Die Bastau mit einer Fließlänge von rd. 20 km und einem Einzugsgebiet von 113 km² ist der größte Nebenfluss der Weser Mindens.
Der Osterbach mit 5,5 km Länge und einem Einzugsgebiet von 12 km² im Osten Mindens mündet gegenüber der Schlagde ebenfalls in die Weser. Sämtliche Bäche aus dem Wiehengebirge im Südwesten Mindens entwässern in die Bastau.
Die Bückeburger Aue ist mit ca. 40 km wesentlich länger und entwässert mit einem Einzugsgebiet von rd. 173 km² auch eine größere Fläche, durchfließt Minden aber nur auf einer Länge von ca. 4,5 km als natürliche Grenze zwischen Niedersachsen und Nordrhein-Westfalen.
